Peter Parker, agora no ensino médio, descobre segredos sobre a misteriosa ausência de seus pais. Após encontrar um maleta pertencente ao seu pai, ele é levado ao laboratório da Oscorp, onde é picado por uma aranha geneticamente alterada. Seus poderes emergem e ele investiga o desaparecimento dos pais, levando-o a confrontar Dr. Curt Connors, que se transforma no vilão Lagarto. Peter precisa equilibrar sua identidade secreta com seu desejo de salvar a cidade e descobrir a verdade sobre sua família.